本乡总校区：东京都文京区 40.27公顷
东京大学主校区设在东京都内文京区本乡，占地面积40公顷
，全校绝大部分机构均在这里。另外在目黑区驹场另建一新校区，为教养学部及生产技术研究所所在地。附属学校、工同研究部门，实验实习基地(如农场、林场、地震、火山、天文等观察站)、师生员工宿舍等分布于全国各地。
赤门是日本东京大学本乡校区在本乡通侧的一个大门，原为加贺藩的御守殿门，“赤门”为御守殿门的俗称，此乃因为御守殿门皆漆为朱红色之故。日本习俗中，御守殿门一旦受灾损毁便不能重建，而东京大学的赤门是唯一留存下来的御守殿门，已有百年以上的历史，殊为难得，因此曾被日本政府列为国宝，现则指定为重要文物。赤门也是东京大学的代表性象征之一，但并不是东京大学的正门，东京大学真正的正门在赤门旁边。
浅野校区：东京都文京区 4.37公顷
弥生校区：东京都文京区11.28公顷
驹场校区：东京都目黑区 35.20公顷
白金校区：东京都港区 7.2公顷
三鹰校区：东京都三鹰市6.88公顷
检见川校区：千叶县千叶市 32.3公顷
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